Krościenko Wyżne zostało lokowane na prawie magdeburskim około 1350 roku, przez króla Polski Kazimierza Wielkiego i zasiedlone przez kilku osadników niemieckich (zob. Głuchoniemcy), którzy założyli tu parafię pod wezwaniem św. Marcina. W 1377 r. istniał w Krościenku już kościół i parafia. Biskup przemyski Eryk z Winsen Mora tworząc w roku 1386 kapitułę katedralną w Przemyślu, powołał do niej również plebana Jakuba z Crosken (Krościenko).
Była to wieś królewska. Krościenko wymienione jest w dokumentach biskupich z 1383 r. W 1603 r. został poświęcony drewniany kościół, który został zbudowany w II połowie XIV w. (około 1350).
Wieś królewska położona na przełomie XVI i XVII wieku w ziemi sanockiej województwa ruskiego, w drugiej połowie XVII wieku należała do starostwa sanockiego.
W czerwcu 1624 r. Tatarzy zniszczyli Krościenko i wtedy zaginęło też wiele dokumentów. Do 1911 roku nad brzegiem Wisłoka istniał drewniany, średniowieczny kościółek, który, niestety, po wybudowaniu nowego został rozebrany. Obecny, neogotycki kościół został konsekrowany przez bpa. przemyskiego św. Józefa Sebastiana Pelczara w 1912 roku. Polichromię kościoła zaprojektował i wykonał w 1936 r. (przed wyjazdem do Ameryki) Jan Henryk Rosen. Witraże zaprojektował Stefan Matejko.
Właścicielami dóbr w Krościenku były znane rody Bobolów (np. od 7.02.1613 do 1635 r. Jan Bobola, syn Jana i Katarzyny – cześnik sandomierski) i Mniszchów, a potem Jakub Bobola (zm. w 1636 r.).
Dzierżawili ją – jako wieś królewską – od 1765 r. – Jabłonowscy. Po pierwszym rozbiorze Polski, w 1772 r., Krościenko Wyżne włączono w granice Austrii. Od 1 maja 1789 r., po sprzedaży Krościenka przez zaborczy rząd Austriaków, miejscowość przeszła na własność księżnej Katarzyny Ossolińskiej z (zm. 1796 żony Rocha Michała Jabłonowskiego (zm. 1780) – kasztelana wiślickiego, a potem jego syna Józefa Jabłonowskiego.
Dwór był miejscem uczty weselnej Aleksandra Fredry z Zofią Skarbkową – córką Józefa Jabłonowskiego - urządzone staraniem siostry komediopisarza, a ówczesnej pani tutejszych posiadłości, Cecylii Jabłonowskiej z Fredrów.
We dworze u Leona Jabłonowskiego, syna Józefa, przebywali: Wincenty Pol, Seweryn Goszczyński, Ludwik Jabłonowski – syn Józefa Jabłonowskiego, pamiętnikarz, poeta, powstaniec i siostra żony Aleksandra Fredry, Cecylia Jabłonowska – zwana matką tutejszego ludu, (zmarła we Lwowie, ale prochy jej przewieziono do Krościenka i pochowano w krypcie pod starym kościołem).
Władali miejscowością też Skrzyńscy, gdy właścicielka Emilia Jabłonowska (córka Leona Jabłonowskiego) wyszła za mąż za szambelana austriackiego - Franciszka Ksawerego Skrzyńskiego z Koszowy, a po nich Orpiszewscy.
Podczas rzezi galicyjskiej w 1846 r. chłopi, namówieni przez zaborców, napadli i splądrowali dwór powstańca Mikołaja Nowosielskiego.
We dworze wraz z rodziną mieszkał w młodości Maciej Stęczyński, znany później rysownik, litograf i podróżnik.
Dopiero po odzyskaniu przez Polskę niepodległości wieś weszła w skład województwa lwowskiego oraz powiatu krośnieńskiego.
W czasie II wojny światowej mieścił się tu Inspektorat AK OP-15. Na Cmentarzu w Krośnie w kwaterze wojennej jest kilka grobów dowódców oddziałów AK poległych pod koniec wojny w Krościenku Wyżnym.
Po zakończeniu II wojny światowej Krościenko należało do województwa rzeszowskiego, powiatu krośnieńskiego, gminy Korczyna, od 1975 r. zaś do województwa krośnieńskiego.
W 1994 (30 grudnia) nastąpił podział gminy Korczyna, w wyniku czego powstała nowa gmina z siedzibą w Krościenku Wyżnym skupiająca dwie miejscowości: Krościenko Wyżne i Pustyny.
Z parafii Krościenko Wyżne w roku 1985 wydzielono nową parafię – Iskrzynię, a w 1998 drugą parafię – Pustyny.
Zabytki i obiekty turystyczne
Kościół neogotycki wybudowany w l. 1908-14 według projektu architekta Teodora Talowskiego, z polichromią z 1936 r. J. H. Rosena i witrażami Stefana Matejki z wyposażeniem wykonanym w części przez A. Lenika w 1914 r.
Ruiny dworu z 1651 r. wraz z zabudową gospodarczą, parkiem ze stawami oraz kilkoma dębami rosnącymi ok. 300-400 lat.
Dąb Aleksander
Pomnik obchodów grunwaldzkich w 1910 r.
Wzniesienie zw. Marynkowską Górą (330 m), na której kopiec zw. Patrią, gdzie według podania palono ogniska, mające zwoływać ludzi do obrony przed najeźdźcą.
